根本的な原因は，epsのbounding boxの基点が(0,0)になっていないこと．
暫定対処1: 古いverを使う．
暫定対処2: epstopdfでpdfに変換し，pdfで取り込む．またはpdftopsで再変換．
根本対処はMatlabの出力時に左下を原点にあわせるようにすることだが，未解決．
（追記 2014/10/10）
dvipdfmxオプションつければズレなかった・・・
\usepackage[dvipdfmx]{graphicx}
いちおう，カレントフォルダにあるepsファイルをすべてepstopdf > pdftopsするバッチファイル書いた．生成物で上書きするので注意．
@echo off
rem Set this directly as the current directly
pushd %0\..
for %%f in (*.eps) do (
epstopdf --outfile=%%f.pdf %%f
pdfcrop %%f.pdf %%f_cropped
rm %%f
pdftops -eps %%f_cropped %%f
rm %%f.pdf
rm %%f_cropped
)
pause
exit
